饮用水微生物指标是一个重要指标，主要包括总大肠菌群、大肠埃希氏菌、菌落总数三项。总大肠菌群主要包括埃希氏菌属、柠檬酸菌属、克雷伯菌属、肠杆菌属4个菌属。这些菌属可以在人、畜粪便中检出，有的也可以在营养丰富的水体中检出，即在非粪便污染的情况下，也有检出这些细菌的可能性。耐热大肠菌群和总大肠菌群组成相同，但主要组成是埃希菌属，在此菌属中与人类生活密切相关的仅有一个种，即大肠埃希氏菌。柠檬酸菌属、克雷伯菌属和肠杆菌属所占数量较少。作为粪便污染的指示菌，大肠埃希氏菌检出的意义最大，其次是粪大肠菌群，总大肠菌群的卫生学意义稍逊一些。

酶底物法是检测大肠埃希氏菌的主要方法，检测原理是37℃ 培养 24h，产生β-半乳糖苷酶，分解选择性培养基中的邻硝基苯-β-D-吡喃半乳糖苷(ONPG)生成黄色的邻硝基苯酚；同时产生β-葡萄糖醛酸酶，分解选择性培养基中的4-甲基伞形酮-β-D-葡萄糖醛酸苷（MUG）释放出荧光物质（4-甲基伞形酮）。大肠埃希氏菌检测前的水样采集至关重要，以下是具体规范：

1.大肠埃希氏菌采样容器

洁净磨口硬质玻璃瓶；洁净聚乙烯瓶（桶或袋）；也可以使用符合要求的一次性采样袋或采样瓶。

2.大肠埃希氏菌采样容器的洗涤

容器洗涤：将容器用自来水和洗涤剂洗涤，并用自来水彻底冲洗后用质量分数为10%的硝酸（或盐酸）浸泡8h以上，然后依次用自来水和纯水洗净。

容器灭菌：可采用干热或高压蒸汽灭菌两种。干热灭菌要求160℃下维持2h；高压蒸汽灭菌要求121℃下维持15min，高压蒸汽灭菌后的容器如不立即使用，应置于60℃烘箱内将瓶内冷凝水烘干。灭菌后的容器应在2周内使用。

3.大肠埃希氏菌采样要求

无菌操作。

不应用水样荡洗已灭菌的采样瓶或采样袋 。

避免手指和其他物品对瓶口或袋口的玷污。

自来水大肠埃希氏菌水样：先将水龙头用火焰烧灼3min灭菌再开放水龙头使水流5min（经常用水的水龙头放水1-3min）后，采集水样。

水源水大肠埃希氏菌水样：选有代表性的地点及可疑地方，一般距水面下10-15cm采集，采样后在水中盖好盖子，再从水中取出。

大肠埃希氏菌水样要从速送检，在0~4℃下保存，水样从采集到检验不应超过8h。